نام کتاب: Bioinformatics With Python Cookbook
نویسنده: Tiago Antao
ویرایش: ۲
سال انتشار: ۲۰۱۸
کد ISBN کتاب: ۹۷۸۱۷۸۹۳۴۴۶۹۱, ۱۷۸۹۳۴۴۶۹۷,
فرمت: PDF
تعداد صفحه: ۳۵۲
انتشارات: Packt Publishing
Description About Book Bioinformatics With Python Cookbook From Amazon
Discover modern, next-generation sequencing libraries from Python ecosystem to analyze large amounts of biological data
Key Features
Perform complex bioinformatics analysis using the most important Python libraries and applications
Implement next-generation sequencing, metagenomics, automating analysis, population genetics, and more
Explore various statistical and machine learning techniques for bioinformatics data analysis
Book Description
Bioinformatics is an active research field that uses a range of simple-to-advanced computations to extract valuable information from biological data.
This book covers next-generation sequencing, genomics, metagenomics, population genetics, phylogenetics, and proteomics. You’ll learn modern programming techniques to analyze large amounts of biological data. With the help of real-world examples, you’ll convert, analyze, and visualize datasets using various Python tools and libraries.
This book will help you get a better understanding of working with a Galaxy server, which is the most widely used bioinformatics web-based pipeline system. This updated edition also includes advanced next-generation sequencing filtering techniques. You’ll also explore topics such as SNP discovery using statistical approaches under high-performance computing frameworks such as Dask and Spark.
By the end of this book, you’ll be able to use and implement modern programming techniques and frameworks to deal with the ever-increasing deluge of bioinformatics data.
What you will learn
Learn how to process large next-generation sequencing (NGS) datasets
Work with genomic dataset using the FASTQ, BAM, and VCF formats
Learn to perform sequence comparison and phylogenetic reconstruction
Perform complex analysis with protemics data
Use Python to interact with Galaxy servers
Use High-performance computing techniques with Dask and Spark
Visualize protein dataset interactions using Cytoscape
Use PCA and Decision Trees, two machine learning techniques, with biological datasets
Who this book is for
This book is for Data data Scientistsscientists, Bioinformatics bioinformatics analysts, researchers, and Python developers who want to address intermediate-to-advanced biological and bioinformatics problems using a recipe-based approach. Working knowledge of the Python programming language is expected.
Table of Contents
Python and the Surrounding Software Ecology
Next-generation Sequencing
Working with Genomes
Population Genetics
Population Genetics Simulation
Phylogenetics
Using the Protein Data Bank
Bioinformatics pipelines
Python for Big Genomics Datasets
Other Topics in Bioinformatics
Machine learning in Bioinformatics
درباره کتاب Bioinformatics With Python Cookbook ترجمه شده از گوگل
کشف مدرن، نسل بعدی کتابخانه توالی از اکوسیستم پایتون به تجزیه و تحلیل مقادیر زیادی از داده های بیولوژیکی
ویژگی های کلیدی
انجام تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک پیچیده با استفاده از اکثر کتابخانه پایتون مهم و برنامه های کاربردی
پیاده سازی توالی نسل بعدی، متاژنومیکس، تجزیه و تحلیل خودکار، ژنتیک جمعیت، و بیشتر
کشف تکنیک های مختلف یادگیری آماری و ماشین برای تجزیه و تحلیل داده های بیوانفورماتیک
توضیحات کتاب
بیوانفورماتیک یک میدان تحقیقاتی فعال که با استفاده از طیف وسیعی از محاسبات ساده به پیشرفته برای استخراج اطلاعات ارزشمند را از داده های بیولوژیکی است.
این کتاب را پوشش توالی نسل بعدی، ژنتیک، متاژنومیکس، ژنتیک جمعیت، فیلوژنتیک، و پروتئومیکس. شما تکنیک های برنامه نویسی مدرن یاد بگیرند که به تجزیه و تحلیل مقادیر زیادی از داده های بیولوژیکی است. با کمک مثال های دنیای واقعی، شما تبدیل، تجزیه و تحلیل و تصویرسازی مجموعه داده با استفاده از ابزار های مختلف پایتون و کتابخانه ها.
این کتاب به شما کمک خواهد درک بهتری از کار با سرور کهکشان، که بیوانفورماتیک به طور گسترده استفاده سیستم خط لوله مبتنی بر وب است. این نسخه به روز نیز شامل نسل بعدی تکنیک های پیشرفته فیلتر توالی. شما همچنین می خواهید موضوعاتی مانند کشف SNP با استفاده از روش های آماری در چارچوب محاسبات با کارایی بالا مانند DASK و جرقه را کشف کند.
در پایان این کتاب، شما قادر خواهید بود به استفاده و پیاده سازی تکنیک های برنامه نویسی مدرن و چارچوب برای مقابله با سیل روزافزون از بیوانفورماتیک داده است.
چه به شما خواهد آموخت
یاد بگیرید چگونه به پردازش های بزرگ تعیین توالی نسل بعدی (NGS) مجموعه داده
کار با مجموعه داده های ژنومی با استفاده از FASTQ، بم، و فرمتهای VCF
یاد بگیرید مقایسه توالی و بازسازی فیلوژنتیک
انجام تجزیه و تحلیل پیچیده با protemics داده
استفاده از پایتون به تعامل با سرورهای Galaxy
استفاده از عملکرد بالا تکنیک با DASK و جرقه محاسبه
تجسم تعاملات مجموعه داده پروتئین با استفاده از Cytoscape در
استفاده از PCA و تصمیم گیری درختان، تکنیک های یادگیری دو دستگاه، با مجموعه داده های بیولوژیکی
که این کتاب برای
این کتاب برای داده ها داده های Scientistsscientists، تحلیلگران بیوانفورماتیک بیوانفورماتیک، محققان و توسعه دهندگان پایتون که می خواهند برای رسیدگی به مشکلات متوسط به پیشرفته بیولوژیکی و بیوانفورماتیک با استفاده از یک رویکرد مبتنی بر دستور غذا. دانش کار از زبان برنامه نویسی پایتون انتظار می رود.
فهرست مطالب
پایتون و اطراف آن نرم افزار در زمینه اکولوژی
توالی نسل بعدی
کار با ژنوم
ژنتیک جمعیت
ژنتیک جمعیت شبیه سازی
فیلوژنتیک
با استفاده از بانک اطلاعات پروتئین
خطوط لوله بیوانفورماتیک
پایتون برای بزرگ ژنومیک مجموعه داده
موضوع دیگر در بیوانفورماتیک
یادگیری ماشین در بیوانفورماتیک
[box type=”info”]
جهت دسترسی به توضیحات این کتاب در Amazon اینجا کلیک کنید.
در صورت خراب بودن لینک کتاب، در قسمت نظرات همین مطلب گزارش دهید.
با خرید اشتراک، بدون محدودیت، کتاب دانلود کن!
